いまどきSSIを使う機会も少ないですが
たまたま設定することになったのでそのときのメモ。
apacheは2.2系（RPM）です。（1.3系ではおそらく異なります。）
具体的にはhttpd.confの設定します。
まず、次の2行があることを確認（ない場合は追加！）
AddType text/html .shtml
AddHandler server-parsed .shtml
そして、SSIを使いたいディレクトリのDirectoryディレクティブ内を次のようにIncludesを追加。
<Directory /yourdirectory>
AllowOverride All
Options FollowSymLinks Includes
Order allow,deny
Allow from all
</Directory>
最後に、DirectoryIndexにindex.shtmlを追記
以上でapacheを再起動して動作確認をしてみてください。