変数の値をチェースしていると

$args = apply_filters

のところで、カテゴリースラッグが、カテゴリー名で上書きされてしまうので、
事前にカテゴリースラッグ名をtmpに取得しておいて、apply_filtersのあとで元に戻してやるというのが上記の方法です。

ＭＵ自体にスラッグ機能が速く実装されるといいのですが。

またこのバージョンですとtaxonomyだと1467行辺りにwp_update_termがありました。

フォーラムにもなんでこの機能が消えているのか？という質問（要望）もありますね。カテゴリースラッグが変更できないのは日本語ユーザーには更に厳しいですね。